白百合学園中学校の設立母体は、17世紀に誕生したシャルトル聖パウロ修道女会です。1878年、函館に上陸した３人のフランス人修道女により日本での活動が始まりました。1881年に東京に学校が設立されて以来140年、誠実さと愛をもって社会に貢献できる女性の育成をめざし、「キリストの愛の教え」に基づく全人教育を行っています。

　白百合学園では、一人ひとりに与えられた能力を豊かに開花させるためのきめ細やかな指導が行われています。宗教教育を基盤とする学園生活のあらゆる場面において、生徒たちは「愛と奉仕」の心を学び、成長していきます。

　中学１〜２年生は基礎的な学力・体力を養成し、ものごとへの意欲と豊かな感性を身につけることが目標です。中学３年生〜高校１年生では基礎・基本の定着に重点をおき、自己の確立と個性の発見に努めます。

　高校２〜３年生は確立した基礎力の上に、自己実現に向けた発展的な学力開発をめざす２年間です。高校２年生から進路（文・理・芸術）に合わせた科目を選択し、高校３年生では大学卒業後の将来像を見つめたうえで具体的な「進路」を決定します。将来自ら問題を発見し、答えを生みだし、さらには新たな価値観を創造できるような能力を発揮できることを目標としています。

　白百合学園の教育の大きな特色のひとつとして、外国語教育があげられます。中学３年間は英語とフランス語を並行して学びます。少人数クラスでコミュニケーション能力を養い、２カ国語を学ぶことで豊かな国際感覚の育成を目標としています。

　高校では一方を第１外国語として集中的に学び、応用力と実践力を養います。スピーチや劇の発表など外国語で自己表現する機会も多く設けています。