白百合学園中学校の設立母体は、17世紀に誕生したシャルトル聖パウロ修道女会です。1878年、函館に上陸した３人のフランス人修道女により日本での活動が始まりました。1881年に東京に学校が設立されて以来142年、誠実さと愛をもって社会に貢献できる女性の育成をめざし、「キリストの愛の教え」に基づく全人教育を行っています。

　白百合学園では、一人ひとりに与えられた能力を豊かに開花させるためのきめ細やかな指導が行われています。宗教教育を基盤とする学園生活のあらゆる場面において、生徒たちは「愛と奉仕」の心を学び、成長していきます。

　中学１〜２年生は基礎的な学力・体力を養成し、ものごとへの意欲と豊かな感性を身につけることが目標です。中学３年生〜高校１年生では基礎・基本の定着に重点をおき、自己の確立と個性の発見に努めます。高校２〜３年生は確立した基礎力の上に、自己実現に向けた発展的な学力開発をめざす２年間です。高校２年生から進路（文・理・芸術）に合わせた科目を選択し、高校３年生では大学卒業後の将来像を見つめたうえで具体的な「進路」を決定します。
　将来自ら問題を発見して答えを生みだし、さらに新たな創造力を発揮することをめざしています。

　中学３年間は、全員が英語とフランス語を学びます。少人数クラスでコミュニケーション能力を養い、豊かな国際感覚を育成することが目標とされています。

　また、理科教育に力を入れているのも特徴です。例年、中学３年間で100種類以上の実験、観察を行い、かならずレポートを作成して考察力を養っています。近年、医療系を含めた理系進路を選択する生徒が増えつづけています。