2009年春に誕生し、今年で開校13年目を迎える東京農業大学第三高等学校附属中学校。母体となる東京農業大学第三高等学校の建学の精神である「いかなる逆境も克服する不撓不屈（ふとうふくつ）の精神」「旺盛な科学的探究心と強烈な実証精神」「均衡のとれた国際感覚と民主的な対人感覚」の３つを柱とした教育を実施しています。

　東農大三の大きな特徴は「実学教育」をベースに学力・進路選択力・人間力を育てるというところにあります。

　６年間を「基礎力充実期」、「応用発展期」、「進路実現期」の３期に分けた学習カリキュラムのもとで、大学受験に向けた学力を育てています。加えて、屋上菜園でのダイズ栽培や、そこで収穫したダイズをもとにした味噌づくり、ワグネルポット（実験用植木鉢）を用いた比較分析など、学びの本質を追求します。

　また、中１から年に数回実施されるキャリア教育講演会や、東京農業大学と連携した独自のプログラムなどで能動的に進路選択力を身につけていきます。さらに、日々の情操教育や、前述したような東農大三ならではのさまざまな体験、中２での宿泊語学研修、中３でのホームステイ（オーストラリア・クイーンズランド、希望制）といった国際教育をとおして人間力を培うことができます。

　学習環境の充実も見逃せません。開校と同時に中学生のためにつくられた新校舎は、各階に設置されたさまざまな用途で使用できるオープンスペースや、使いやすく設計された理科実験室、屋上菜園、スタジオつきの放送室など、日々の学校生活を快適に送ることができるよう設計されています。