普連土学園中学校の教育理念は、「万人に『神の種子─神からそれぞれにあたえられた素晴らしい可能性』が存在することを信じ、一人ひとりを大切に、全ての人を敬い、世の役に立つ女性を育成すること」です。

　1887年の創立当初から少人数教育を実践し、個々の生徒にいきとどいた指導を行う、面倒見のよい学校として知られています。

　こうした教育体制のもと、大学進学においては、多くの難関大学への進学とともに、現役合格率が大変高いことが特徴です。

　さまざまなかたちで奉仕活動を行っているのも特徴で、奉仕活動についての基本的な知識を学び、体験するプログラムを組んでいます。中学では、視覚・聴覚・身体障害について学び、高校では知的障害や高齢者問題について学びます。

　そして高３では、奉仕活動についてのまとめを行います。ここでは、これまでの活動を今後の生き方にどう位置づけるかなどを話しあっていきます。

　「海外にむけて開かれた心」を育てている普連土学園では、異文化理解のための国際交流にとくに力を入れています。

　英語の授業は、中学では週６時間をあて、外国人教師による少人数クラスの音声面を重視した授業を行っています。劇やゲームを取り入れ、身体全体を使って生きた英語を吸収できるように指導しているのが特色です。また、近年では理科系の課外活動で国際大会への出場がつづいています。電子工作やプログラミングに取り組むグループ「Friends Fab」は、レゴを使用した国際的なロボットコンテスト「FLL」において発足から４年間でデンマーク、トルコ、ブラジルでの国際大会へ出場を決め、理科部のロケット班も2019年にパリの国際ロケット大会に出場し、2020年ロンドン大会への出場権も獲得しています。