日本学園中学校では日々の学習習慣を身につける「デイリーレッスンノート」や放課後の自学自習の時間「にちがく講座」で基礎的・基本的な学力と主体的な学習態度を身につけます。

　オリジナルプログラム「創発学」では「体験」を核に新たな“好奇心”と、学びつづけるための原動力である“動機”を生みだします。そのうえでALTを交えた合科型の授業やICT、グループワークやディベートを用いた問題解決型授業を導入し、思考力・判断力・表現力を磨きます。

　創発学は、「自ら創造・発信できる力」を伸ばすための日本学園のオリジナルプログラムです。第一次産業（林業・農業・漁業）の現場で〈体験・取材〉して〈まとめ→発表〉します。一連の学習過程をとおして、創造的な思考力を伸ばし、プレゼンテーション能力を向上させます。

　中３では「15年後の自分」をテーマにして、職業人にインタビューし研究論文を作成・発表します。また、全員で「オーストラリア語学研修」（ホームステイ）に行きます。創発学は、日本語と英語を駆使し、両輪で育てる21世紀型教育プログラムです。

　英語教育では、英会話でのALTのみの授業、ふだんの授業のなかに、ALTとのチーム・ティーチングを取り入れるほか、中１では東京英語村、中２ではブリティッシュヒルズで実際に英語を使う機会を設けて中３でのオーストラリア語学研修へつなげていきます。創発学で育む高い日本語力の土台の上に英語力を伸ばすことを目標としています。

　1885年、東京英語学校として創立した日本学園は日本人として主体性を確立し、さらにグローバルな人材を育成することを目標としてきました。「人は得意な道で成長すればよい」は創立者杉浦重剛の言葉です。