日本大学第三中学校では「自ら求め、自ら探る」力を育み、現代社会で求められる基礎的な素養や教養、困難に立ち向かう体力や精神力、集団で生きるための社会性や協調性を身につけた「社会で活躍できる人材の育成」をめざしています。キャンパスは緑豊かな多摩丘陵にあり、東京ドーム３個分もの広さを有する恵まれた学習環境となっています。

　「大自然のなかで学ぶ最先端の教育」の実現をめざし、Wi-Fi環境は最高レベルで、５G（第５世代移動通信システム）を整備しています。また、生徒にひとり一台のiPadを貸与し、教室には短焦点プロジェクタ（電子黒板機能つき）を設置しています。

　20年以上前から複数の教員によるチームティーチングが英語と数学で行われ、英語では複数名のネイティブスピーカー教員による英会話、数学では演習授業を効率的に行っています。また、３年生ではより深い知識と高い学力を養うために「選抜クラス」（１～２クラス）を設置しており、このクラスの出身者の多くは高校で「特進クラス」に進学し、東京大学や京都大学、一橋大学などの国公立大学・難関私立大学の合格を手にしています。

　高校３年間の学業成績・人物評価による内申と日本大学26付属校約１万人と同時に受ける基礎学力到達度テストの成績によって、日本大学への推薦資格を得ることができます。

　さらに、校内外で行われる模擬試験などから生徒の実力を多角的に分析し、国公立大・難関私立大への入試にも対応できるような指導体制を整え、生徒個々の進路希望をサポートしています。

　その効果もあり、近年は東京大学、京都大学などの国公立大や難関私立大などの日本大学以外への進学者が約60％となり、日本大学進学者（約40％）を超えるほどになっています。