全国に広がる白百合学園の歴史は、1878年、フランスより３人の修道女が函館に着任し、女子教育の基礎を築いたのがはじまりです。東京の白百合女子大学をはじめとする白百合学園の最初のページは、この函館から記されたのです。

　函館白百合学園中学校は、キリスト教に根ざした価値観を養い、神と人の前に誠実に歩み、人としての品性を重んじ、愛の心をもって人類社会に奉仕できる女性を育てています。そのため聖書などから学ぶだけではなく、奉仕活動、募金活動、体験的学習などをつうじて、自ら道徳心を養えるようにしています。

　国語・数学・英語の授業時数は公立中学校よりも格段に多く、生徒の発達段階に配慮した授業を展開して学力の自然な定着をはかっています。将来、世界で活躍する国際人の育成をめざし、語学教育にも熱心に取り組んでいます。
　とくに中１・中２の英語は日本人とネイティブスピーカーの教師によるチームティーチングを実施し、読解力から英会話まで総合的に身につくように配慮されています。また、スモールステップの学びが可能な「すらら」などのICT教材も充実しています。

　高校進学時は、難関大学への進学を考えている生徒に対応する「特別進学コース」、看護学校や私立理系大学に適した「看護医療系進学コース」、進学・就職に幅広く対応した「総合進学コース」への進学が可能です。キャンパス内には、自宅から通学できない生徒のための寮「暁の星ハウス」が完備されています。自立の精神を身につけ、共同生活をとおして、より豊かな人間性を育てることを目的として寮運営がなされています。

　学校へは、羽田空港から飛行機で約80分、函館空港からはバスで約20分と、思いのほか短時間でアクセスできます。