1960年に高等学校が、1999年に中学校が開設された函館ラ・サールには、「進学教育と人間教育の高いレベルでの両立」を教育方針の核としたつぎのような特色があります。

　ひとつ目は「人間教育重視の教育伝統」です。カトリックミッションスクールとして、進学実績至上主義ではなく、生徒の全人格的成長をはかるとともに、問題を抱えた生徒をあくまでも支援しています。

　ふたつ目は「全国から優秀な生徒が集まっている」点です。函館市外出身生徒の割合（関東・関西だけで過半数）と出身地の多様性の点では全国一といわれています。異なる地域文化のふれあいは、豊かな自己実現につながります。

　３つ目は「全国唯一の50人大部屋寮生活」（中学３年間。高校からは４人部屋）です。個室の寮とは次元の異なる深く多様な人間関係のなかで、将来にいきるたくましく柔軟な人間関係力が自然に養われます。また、函館は北海道の豊かな自然と歴史的情緒にあふれた港町であり、ここでの生活は一生心に残ります。

　最後は「低廉な経費」です。都会での通学・通塾生活より経済的です（授業料、寮費合わせて月11万円）。

　函館ラ・サールでは、部活動も非常にさかんで、北海道大会に出場するクラブがいくつもあります（とくにラグビー部はここ６年で３回全国大会に出場しました）。

　教育カリキュラムは、１週間の授業時数を37時間としています。基礎的な学力をしっかりと身につけ、なおかつ、芸体教科も公立中学校と同じ時数を確保するためです。また、ミッションスクールという特色をいかした倫理宗教の科目や、国際性を重視した英語教育など、「知」・「心」・「体」の育成に積極的に取り組んでいます。